(一)北門區北門國民小學玉湖分校：自113年8月1日起停辦， 分校學生改至本校就讀。(二)西港區後營國民小學金砂分校：自113年8月1日起停辦， 分校學生改至本校就讀。(三)六甲區六甲國民小學湖東分校：自113年8月1日起停辦， 分校學生改至本校就讀。 (四)龍崎區龍崎國民小學龍船分校：自113年8月1日起停辦， 分校學生改至本校就讀。 (五)南化區西埔國民小學１、113年8月1日起至南化國民小學進行全時段跨校合作交流。 ２、114學年度起停辦，學生改分發至南化國民小學就讀。